예. 다음과 같이 하는 것을 잘못 말해주었네요.
var newWin = window.open("","_blank","left=500, top=400, width=200,height=80");
newWin.document.write("접속 감사합니다!");
newWin.document.title="환영";
newWin.document.body.style.backgroundColor = "yellowgreen";
newWin.document.close(); //주석을 풀었는대도 불구하고 사용자가 x를 누르기전까지 창이 사라지지않습니다.
// newWin.close(); //이 주석을 풀면 창이 닫힙니다.
}

다음 문장은 도규먼트 작성을 완료한다는 뜻입니다. 그러니까 DOM 트리를 완성한다는 뜻이지요.
newWin.document.close();

창을 닫는 것은 다음 문장입니다.
newWin.close();