1. 질문으로봐서는 정확히 알 수는 없지만,
결국 반대로 그려진다면 분명 방향 값이 true 로 주어져 있지 않나 하는 생각이 듭니다.
다음과 같이 강제로 마지막 매개변수로 false를 넣어 보세요.
context.arc(x, y, radius, startAngle, endAngle, false);
만일 이렇게 하여 시계 방향으로 잘 작동한다면
폼에서 방향 값을 읽어 처리하는데 문제가 있을 것입니다.

2. 그리고
inputs[4].value*Math.PI/180 부분은 다음과 같이 수정하는 것이 원칙입니다.
parseInt(inputs[4].value)*Math.PI/180

왜냐하면 value 속성은 문자열이기 때문입니다. 곱하기 연산을 하기 전에 문자열을 숫자로 바꾸어 주어야 정확한 계산이 됩니다.
하지만, 자바스크립트 엔진이 스스로 숫자로 바꾸어주기도 하는데, 확실히 하는 것이 좋겠지요.