자바스크립트의 배열과 함수의 리턴값에 대해 정확히 이해하지 못하고 있어서 그렇습니다.
split() 함수는 책의 표 7-2에서 기술한 것과 같이, 배열을 리턴합니다.
그러므로 초심자가 작성한 다음 라인을 봅시다.
var word2 = word.split("&");

word.split("&")은 배열을 리턴하고 있으며, 그 배열을 받은 변수를 word2로 한 것입니다.
word2는 배열이고 word를 &를 기준으로 자른 문자열이 하나씩 들어 있습니다.
word2[0] <-------- query=java
word2[1] <-------- id=5
word2[2] <-------- who=kitae
word2[3] <-------- target=_blank

그런데 초심자가 작성한 다음 라인은 배열의 각 원소를 접근하지 않고 배열을 한 번에 출력하는 코드입니다.
document.write(word2 + "<br>");

그래서 아래와 같이 배열이 한번에 출력된 것입니다.
query=java,id=5,who=kitae,target=_blank

이제 코드를 수정해보세요.