1. addEventListener()를 호출할 때 3번째 매개변수에 true나 false를 이용하여 캡쳐나 버블이냐를 지정해야 하지만,
p.addEventListener("mouseover",over);와 같이 지정하지 않는 경우, 디폴트가 false로 전달되고, 버블 리스너 등록으로 처리됩니다.
392 페이지에서 addEventListener()을 소개하는 마지막 부분을 참고하세요.
"분명히 지정해야 한다"는 것에서 오해의 소지가 있군요. 이 부분의 글을 약간 수정하여 오해가 없도록 수정하겠습니다.

2. 두번째 질문을 보죠.
"html문서는 태그 선언 순서대로 실행을 하고 </html>을 만났을때 종료되는걸".. 이라고 헀는데,
여기서 "실행"이라는 것은 곧 "브라우저가 HTML 문서를 읽고 DOM 트리를 만들고 화면에 출력하는 과정입니다."
이벤트는 그 후 사용자의 마우스 입력이나 키보드 입력, 타이머 등에 의해 발생하고, 발생한 이벤트가 좀 전에 완성된 DOM 트리 위에서 흘러가는 것입니다.
이 둘을 헷갈리지 마세요.

"이벤트 선언이나 리스너 사용시에만 이런 캡쳐나 버블 2단계가 이루어지는 건지.." 라는 질문에 대해서 보면,
이와 관계 없이 마우스나 키보드가 입력되면 이벤트가 발생합니다. 그리고 웹브라우저가 캡쳐 단계에서 버블 단계를 거쳐 이벤트를 흘려보냅니다.
그런데 이벤트 리스너가 만들어져 있지 않다면 이벤트는 처리되지 않고 사라지게 됩니다.
결론은, 이벤트 리스너가 만들어져 있는 지 여부와 관계없이 이벤트가 발생하면 이벤트 캡쳐 단계 그리고 다시 버블 단계로 이벤트가 흘러가는 것은 사실입니다.